PCR儀的兩大誤區分析：

　　1.儀器通道越多越好

　　隨著(zhù)PCR技術(shù)的成熟運用，熒光定量PCR儀也是如此。從單通道熒光定量PCR儀發(fā)展到如今各個(gè)廠(chǎng)家都推出4通道、5通道甚至6通道熒光定量PCR儀，眼花繚亂的選擇讓人無(wú)所適從，稍不小心就可能走進(jìn)“通道越多越好”的誤區。

　　在使用有些5通道的熒光定量PCR儀時(shí)，為了確保實(shí)驗結果的精確性和準確性都要在實(shí)驗中使用ROX(一種熒光染料)，這些熒光染料都必須單獨使用一個(gè)檢測通道。這樣以來(lái)，真正能檢測多重PCR熒光信號的有效通道只有4個(gè)，而且使用校正染料可能會(huì )增加后期的使用成本。有的熒光定量PCR的檢測通道是只為自已廠(chǎng)家的專(zhuān)用的熒光染料或試劑開(kāi)放的，有效檢測通道也絕非像宣傳的那么多。因此在購買(mǎi)前確認熒光定量PCR儀器的有效檢測通道尤為重要。

　　2.real-time PCR儀無(wú)需梯度功能

　　對于使用染料法的定量PCR反應，雖然有各種各樣的PCR引物設計軟件或者經(jīng)驗公式計算熔解溫度(Tm值)，但運用的公式不同、引物序列不同，Tm值的差異會(huì )很大。引物的熔解溫度決定了退火溫度。而且模版中堿基的組合千變萬(wàn)化，對于特殊片斷，經(jīng)驗公式得到的數據不一定能得出準確的結果，退火溫度細微的差異對結果都可能產(chǎn)生決定性的影響，因而“摸條件”一度是讓人很頭疼的問(wèn)題。梯度PCR的出現部分解決了一些問(wèn)題-在反應過(guò)程中每個(gè)孔的溫度控制條件可以在規定范圍內按照梯度變化，根據結果，一步就可以摸索出適合的反應條件。

　　不單退火溫度，連變性溫度和延伸溫度都可以?xún)?yōu)化-對于多種聚合酶混合酶擴增來(lái)說(shuō)這個(gè)非常重要，因為T(mén)aq和校正酶的佳反應溫度可能有顯著(zhù)差異，優(yōu)化延伸溫度就顯得很重要。

　　使用有梯度功能的熒光定量PCR儀可以一次完成以往多次實(shí)驗才能完成的優(yōu)化過(guò)程，簡(jiǎn)化了摸索PCR反應條件的繁瑣實(shí)驗，既節省實(shí)驗時(shí)間提高效率，又節省實(shí)驗成本。